Sesuai Surat Edaran Mahkamah Agung RI Nomor 4 Tahun 2008, mulai tanggal 1 Juli 2008, Biaya perkara di Pengadilan Agama Sentani, dibayar melalui Bank BRI Kanca Sentani. Apabila ada kelebihan biaya perkara yang tidak terpakai dalam proses perkara,tidak diambil dalam waktu 180 hari sejak : Perkara Putus (untuk perkara tingkat pertama), akan disetor ke Kas Negara.
